Az oroszokkal vívott háború óta (1681) a törökök nyugati háborúra készültek. Erre ösztönözték Thököly katonai és politikai sikerei is. IV. Mehmed 1683-ban kinevezte Kara Musztafa nagyvezért a Lipót császár elleni háború parancsnokává. A császári katonaság Magyarországot feladta, és visszavonult Bécs védelmére. A várost a török ostromgyűrű csaknem 2 hónapig fogva tartotta. A gyűrűt Sobieski János lengyel király és Lotharingiai Károly császári fővezér vezetésével lengyel, bajor, szász és császári csapatok roppantották szét 1683 szeptemberében. A megtámadottak ellentámadásra szánták el magukat és XI. Ince pápa kezdeményezésre létrejött a Szent Liga, a Habsburg Birodalom, Lengyelország és Velence törökellenes szövetsége (1684). (Később csatlakozott hozzá Oroszország, s a bajor, a szász és a brandenburgi választófejedelem is küldött zsoldosokat) Az egész Európából összegyűlt katonákkal meginduló ellentámadás négy év alatt Belgrádig szorította vissza a törököket. 1686-ban, 145 év után vált szabaddá Buda. A felszabadító seregben nagyszámú magyar harcolt. A felszabadító háború még tíz évig tartott. 1697-ben a török újabb ellentámadással kísérletezett. Savoyai Jenő birodalmi fővezér Zentánál nagy győzelmet aratott felettük. Az 1669-ben megkötött karlócai béke értelmében az egész ország területe felszabadult a török elnyomás alól. Elhárult az akadály az ország területi, politikai és közigazgatási egyesítése elől. Thököly államának és a fejedelemnek a sorsa 1685-ben pecsételődött meg: a váradi pasa rabláncon vitte Nándorfehérvárra. Később szabadon engedték, 1690-ben visszatért Erdélybe. Seregével megverte a császári haderőt, két hónap múlva a balkánra szorult. A karlócai béke után Nikodémiát jelölték ki neki és a feleségének szállásul. Zrínyi Ilona a harcok idején Munkács várát védte a császáriakkal szemben. Két gyermeke, Rákóczi Julianna és Ferenc a császár gyámsága alá került. Követte férjét Nikodémiába és ott hunyt el 1703-ban, Thököly két évvel később, 48 évesen halt meg. A felszabadulás örömébe egyre több keserűség vegyült. A Szent Liga hadai Habsburg-vezetéssel űzték ki a törököt. Magyarország formailag nem volt tagja a Ligának. További árat kellett fizetni a török kiűzéséért. A bécsi haditanács a szövetséges hadsereg eltartási költségének 70%-át a parasztokra rótta. A császári tisztek a porciók behajtásán kívül raboltak, zsaroltak. Az erdők, nádasok, berkek ismét menekültekkel teltek meg.

A Buda visszafoglalása után, 1687-ben összeült országgyűlésen a nemesség lemondott szabad királyválasztási jogáról, s eltörölte az Aranybulla 31. ellenállási záradékát is. Ezután I. Lipót önkényesen uralkodott a császári katonasággal megrakott országban. Erdélyt továbbra is Magyarországtól elválasztva, közvetlenül az udvarnak alárendelve kormányozta.

Az ekkor felállított újszerzeményi bizottság azoktól a földesuraktól, akiknek birtokaik a töröktől visszahódított területen feküdtek, tulajdonjogot igazoló oklevelet, s ha ez megvolt, akkor fegyverváltságot követelt. Ugyanakkor az idegen tábornokoknak, udvari tisztviselőknek egész megyéket adományoztak.

A török elleni harc befejeztével feleslegesség, sőt veszélyessé vált vitézlő rend katonáit szélnek eresztették. Harcban szerzett kiváltságaikat semmibe véve feudális uraknak rendelték alá őket, akik jobbágyi szolgáltatást vártak tőlük. A katonák közül sokan szegénylegénnyé váltak.

Értékelés: A török katonákon kívül sok civil sorsa ködbe veszett az emberpiacokon. A vesztesek mindig ki voltak szolgáltatva a győzteseknek. Főúri adományok: Szelepcsényi érsek 160 ezer forintot fizetett a hadipénztárba, Eperjes 80, Debrecen összesen 960 ezret adott. Vagyis jóval többet, mint a Német Birodalom három legnépesebb és leggazdagabb területe. Az, hogy ennyit tudtak adni, másfél évszázad fejlődésének eredménye.

Zsákmány és pusztulás: a vezérkar még szeptember elején véget vetett Budavár pusztításának. Eloltatták a még égő tüzeket, eltakarítatták a tetemeket. A keresztényeket eltemették, a többieket a Dunába dobták. Halálhimnusz és örömkiáltás hangzott a zsákmány számbavételekor. Négyezer oszmán halott feküdt a falak alján, s mintegy hatezer török került fogságba. A császáriak öt-hatszáz halottat és négyszáz sebesültet vesztettek a döntő rohamban.

Károly herceg katonái folytatták a nagyvezér üldözését. A második, győztes mohácsi csatában, 1687. augusztus 12-én megverték Szulejmán nagyvezér hadait. Buda visszakerülését a nagyharsányi csatanyereség teszi visszafordíthatatlan történelmi ténnyé. A harcok sújtotta nép még évekig fásultan nézte, hogy a török után a császáriak is pusztították az országot.

Buda visszafoglalását követően a Habsburg-uralom a lehető legrosszabb oldaláról mutatkozott meg. A kezdeti berendezkedés átmeneti volt és kényszerűségen alapult: folyamatos háborúkban született meg a végső siker. Csaknem egy évszázad kellett, hogy Buda székvárosa lett az országnak. Akik átvészelték az ostromot, az üszkök, romok helyén fölépítették a házakat, megkezdték a "második háborút" Magyarországért.