1604. október 2-án tört ki az első Habsburg-ház ellenes felkelés Bocskai István vezetésével. A háborús pusztítások miatt Erdélyben és Magyarországon kialakult rendkívül rossz életkörülmények arra ösztönözték Bocskait, hogy a törököktől kérjen segítséget a függetlenségi harc megszervezéséhez.

Bocskai István gyermek- és ifjúkorát a Habsburgok bécsi és prágai udvarának a közelében töltötte és már 17 éves korában az udvari nemesifjak társaságának tagja lett. Később felismerve a hatalmi harcok megosztó hatását, úgy döntött, hogy otthagyja Prágát és az erdélyi fejedelem udvarába ment. 1576-tól Erdély vára kapitányának lett kinevezve és a házassága révén hatalmas magyarországi (bihari) birtokhoz jut.

Bocskai később, 1592-ben Bihar vármegye főispánja címet kapta meg. Ebben az időben szorosan együttműködött a törökkel szembefordulni kész német erőkkel és támogatta azt, hogy Erdély és a Királyi Magyarország bekapcsolódjon a tizenöt éves háborúba. 1595 januárjában szövetséget hozott létre a törökök ellen Rudolf császárral és még ebben az évben, a Báthori Zsigmonddal közösen vezetett seregek a havasalföldi hadjáratban súlyos vereséget mértek Szinán pasa csapataira.

Bocskait is elérték az akkori méltánytalan politikai támadások és hűtlenségi perbe keverték, melynek következtében elkobozták erdélyi birtokait. Egy ideig bihari birtokaira vonult vissza, és mivel Basta kormányzása idején sem kapta vissza ezeket, titokban felajánlotta együttműködését a törököknek. Azt ígérte, hogy visszaállítja a török hódoltságot Erdélyben annak fejében, ha a szultán őt támogatja a fejedelmi trón megszerzésében.

Ekkor, 1604 nyarán váratlan fordulat következett be azzal, hogy Rudolf császártól visszakapta az erdélyi birtokait. Megszakította a törökökkel folytatott tárgyalásait és hátat fordított annak a Bethlen Gábornak, aki a törökökhöz bujdosott erdélyi emigránsok vezetője volt.

Az elképzeléseiben megcsalt Bethlen erre úgy reagált, hogy tudatosan a császáriak kezére juttatja azokat a személyes iratokat, amelyek Bocskai törökökkel történt tárgyalásait bizonyították. Egyes források szerint a törökökkel folytatott levelezése valamilyen formában Barbiano di Belgiojoso kassai főkapitány kezébe került, ami Bocskait rögtön szembeállította a Habsburg-házzal és fegyveres konfliktusba sodorta.

Bocskai István birtokaira császári seregek támadtak és Ciprián Concini váradi alkapitány 1604. október 2-án elfoglalta várát, Szentjobbot. Belgiojoso csapataival szintén Bocskai ellen indult és megtámadta a birtokait. Bocskai azonban a hajdúkkal szövetkezve október 15-én, az Álmosd-diószegi ütközetben vereséget mért a támadó seregre. Ezt követően október 16-án hajdúi élén Debrecenbe is bevonult. E két esemény a kelet-magyarországi térségben a királyi katonai adminisztráció összeomlását eredményezte. November elejére Bocskai mellé álltak a felső-magyarországi városok, ami azt is jelentette, hogy az egyre növekvő hajdúsereg hatalmas területet tudott felügyelni. Többek között a hajdú seregek 1604. november 11-én Kassára is bevonultak.

Bocskai december 12-én a szabadságharchoz való csatlakozásra hívta Erdély rendjeit, és 1605. február 16-án kiáltványban biztosította a székelyek szabadságjogainak a helyreállítását.

A katonai sikerek 1605-ben tovább folytatódtak. Az év elejére sikerrel hódította meg a felvidéki várakat és városokat, Érsekújvár-Léva vonaláig. Az év második felében elfoglalta a királyi Magyarország döntő részét, majd a székelyek csatlakozásával Erdélyt is uralma alá vonta. Bocskait 1605. február 21-én Marosszerdán az Országgyűlés tagjai erdélyi, a magyarországi főrendek pedig április 20-án Szerencsen magyar fejedelemmé választották.